2016ko hasieratik, 2016-2020 Plan Estrategiko berriaren ildo nagusien arabera ari da lanean Innobasque; Plan hori 2015eko azaroan onartu zuen Zuzendaritza Batzordeak, eta Batzordearen beraren, bazkideen, Eusko Jaurlaritzaren eta barne-taldearen ekarpenekin egin zen. Denboraldi honetan, Innobasquek eginkizun berriak izango ditu eta aurretik egiten ari zen beste batzuk finkatu eta sendotuko ditu. Aliantza publiko-pribatuaren hedapenean sakontzea eta hori gure bazkide-sarearen gaitasunak aktibatuz egitea da erronka.
Plana hiru erronka handiren gainean oinarrituko da:
1- Innobasqueren eginkizuna sendotzea zientzia-, teknologia- eta berrikuntza-politiketarako laguntza estrategiko gisa, eta Berrikuntzaren Euskal Sistema bultzatu, monitorizatu eta ebaluatzeko tresna gisa.
2 – Innobasqueren balioa optimizatzea, Euskadiko berrikuntzaren zerbitzura dagoen lankidetza publiko-pribatuaren eragile berezi gisa.
3 – Jarduera finantzatzea ahalbidetzen duten diru-sarreren oinarria gehitzea eta dibertsifikatzea.
Ziklo berri honetan, Innobasquek bere barne-antolaketa egokitu du planaren erronkekin bat etor dadin, betiere helburuetara orientatua, malgua, zeharretakoa eta bere jardunaren sinergiak indartuko dituen erakundea izateko helburuaz. 2016ko urtarriletik, Innobasque honako arlo hauetan ari da lanean:
Zientzia, Teknologia eta Berrikuntza Politikak, laguntza estrategiko eta Berrikuntzaren Euskal Sistema bultzatu, monitorizatu eta ebaluatzeko tresna gisa dugun eginkizuna indartuz, eta euskal I+G+b nazioarteko bihurtzen eta Zientzia, Teknologia eta Berrikuntzaren Euskal Sareko eragileak balioan jartzen lagunduz.
Elkarlaneko Berrikuntza, Innobasqueren balioa optimizatuz Euskadin berrikuntza hobetzearen zerbitzura dagoen lankidetza publiko-pribatuaren eragile berezi gisa, Zientzia, Teknologia eta Berrikuntza Planaren helburuen inguruan berrikuntza-kultura eta dinamiken arloko ahaleginak, baita Euskadiren kokapenari buruzkoak ere, lurralde berritzaile gisa bilduz eta bazkideekiko lotura indartuz.
Prospektiba eta Estrategia, abagune edo aukera-arlo berriak identifikatuz eta lankidetza publiko-pribatuko ekinbide garrantzitsuak proposatuz, epe luzerako agenda zehaztu eta eraikitzen lagunduz Euskadirentzat nahi den etorkizunerantz aurrera egiteko.
Gizarte Berrikuntza, euskal zientzia, teknologia eta berrikuntzako politiken lehentasunezko eremuetan gizarte-erronkak txertatzen lagunduz, baita kudeaketa publikoan formula berritzaileak hartzen ere.
Korporatiboa eta Komunikazioa, barruko lantaldeko jendearen ikaskuntza, motibazioa eta konpromisoa bultzatuko dituen barne-kudeaketako eredu bat emanez, eta Innobasque proiektu bereizgarri gisa kokatzeko eta Euskadi lurralde berritzaile gisa kokatzen laguntzeko komunikazio-estrategia eraikiz.
Administrazioa eta Finantzak, erakundeari euskarria emanez, administrazio eta finantza-kudeaketan zorroztasuna eta gardentasuna ipiniz eta Innobasqueren sarrera-oinarria dibertsifikatzeko lan eginez.
2016-2020 Plan Estrategikoak Innobasqueren III. Zikloa zehazten du eta 3 printzipio sinpletan oinarritua dago:
1.- Berrikuntza da gizarte eta ekonomiaren eraldaketarako motorra, Euskadi iraunkorragorantz.
2.- Berrikuntzan dimentsio asko sartzen dira, eta Euskadiko gizarte-, ekonomia- eta ingurumen-erronka handiak konpontzeko gai diren irtenbideak eraikitzeko gako edo giltzarria da.
3.- Berrikuntza guztion artean sortzen den balioa da, gizarte-harreman berriak eta lankidetza-ereduak sortuz, gizartean oro har eragina zertu eta hau eraldatzen dutenak.